A Miskolci Egyetem őse a Selmecbányán 1735-ben III. Károly által alapított bányászati-kohászati tanintézet (Bergschule), ahol a világon elsőként oktattak felsőfokú bányászati-kohászati ismereteket (Freibergben 1765-től, Berlinben 1770-től, Szentpéterváron 1773-tól). Mária Terézia 1762-ben akadémiai intézménnyé szervezte az iskolát (k.k. Bergakademie). 1846-tól erdészképzés is folyt az akadémián.

A selmeci iskola példaként szolgált a későbbiekben alakult európai műszaki főiskolák létrehozásánál. A Párizsi Műszaki Egyetem 1794-ben a selmeci laboroktatás alapján szervezte meg a sajátját. A selmeci professzorok közreműködésével alapították meg Selmecbányától nem messze - Szklenón - a világ első nemzetközi műszaki egyesületét, amelyben 14 ország képviseltette magát.

1848-1850 között szünetelt az oktatás, mivel a magyar szabadságharc alatt a diákok beálltak Kossuth seregébe.

Az 1867-es osztrák-magyar kiegyezés után az oktatás nyelve az addigi német helyett a magyar lett, s az intézmény neve Magyar Királyi Bányászati- és Erdészeti Akadémiára változott.

1920-ban, a trianoni békeszerződés után Selmecbánya Csehszlovákia része lett, így az Akadémia költözni kényszerült, Sopron adott helyet a hontalan iskolának.

A Magyar Országgyűlés 1949. évi XXIII. törvényében elrendelte, hogy "a felsőfokú műszaki szakképzés fokozása céljából Miskolcon Nehézipari Műszaki Egyetemet kell létesíteni. Az egyetem bánya- és kohómérnöki karra tagozódik". Így 1949-ben létrejött Miskolcon az az egyetem, amely a Sopronból áttelepült Bánya- és Kohómérnöki Karból, valamint a frissen alapított Gépészmérnöki Karból állt.

Miskolcon 1949. szeptember 18-án volt az első tanítási nap. 1950 februárjában kijelölték az egyetem mai helyét mintegy 85 hektárnyi területen. Megkezdődött az építkezés, és az első tanulmányi épületeket már 1951 őszén használatba is vehették az oktatók és a hallgatók. Az első miskolci diplomakiosztó ünnepségen 1953-ban 236 bányagépész, kohász és szerszámgépész hallgató kapta meg a diplomáját.

Az oktatási rendszer változtatása iránti igény hozta létre a szándékot, hogy a műszaki karokat társadalomtudományokat oktató karokkal, szakokkal egészítsük ki.

1981-ben nagy változások kezdődtek az egyetem életében. Ekkor indult meg a jogászképzés, mely 1983-tól önálló fakultásként működik.

Ekkor fogalmazódott meg az a cél, hogy az egyetem a klasszikus értelemben vett universitas szintjére fejlődjék. Ilyen jellegű intézmény létrehozására ekkor az országban szinte egyedülállóan Miskolcon volt lehetőség, ahol a műszaki karok tanszékei között már meglévő társadalomtudományi stúdiumok (jog, filozófia, szociológia, közgazdaságtan, stb.), illetve a Nyelvi Intézet megléte biztosította az alapot az új karok létrehozásához.

A fejlődés következő lépcsőfoka az 1987-ben beinduló közgazdászképzés, melyet a Gazdaságtudományi Kar létrehozása követett 1990-ben.

A különböző tudományok oktatásának összefogása az egyetem keretein belül kiemelkedő lehetőségeket nyújt az itt tanulni, kutatni vágyóknak. Az egyetem egyes tanszékei, intézetei több karon, szakon tanítanak. A hallgatóknak lehetőségük van több szakon párhuzamosan tanulmányokat folytatni. Ilyen esetben az egyes karok egymás között elfogadják a mindkét kar által megkövetelt tantárgyakból a valamelyiken azonos tárgyból letett vizsgát. A hallgatók más karon, szakon oktatott tantárgyat is tanulhatnak akkor is, ha az adott karon a teljes képzésben nem vesznek részt. Ily módon a hallgatói igények mind teljesebb kielégítésére van lehetőség. (Az egyetem karai kölcsönösen kedvezményt biztosítanak 66 %-os mértékben a párhuzamos képzésben résztvevő hallgatóknak a költségtérítésben.)

Az egyetem neve 1990. július elsejével Miskolci Egyetemre (rövidítése: ME) változott.

1992-ben alakult a Bölcsészettudományi Intézet, amely 1997 szeptemberében emelkedett kari rangra.

1997-ben a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola miskolci tagozata - a főiskolától való leválását követően - egyetemünkhöz csatlakozott a Miskolci Egyetem Bartók Béla Zeneművészeti Intézeteként.

A megújult képzést folytató műszaki karok Műszaki Földtudományi, Műszaki Anyagtudományi, Gépészmérnöki és Informatikai Kar néven működnek tovább.

A felsőoktatási törvényben kívánatossá nyilvánított egyetemi integráció eredményeképpen a sárospataki Comenius Tanítóképző Főiskola 2000. január 1-jétől a Miskolci Egyetem főiskolai kara lett, majd 2013. július 1-jével kivált egyetemünkből és csatlakozott az Eszterházy Károly Főiskolához.

Az Egészségtudományi Intézet főiskolai szintű alapképzése védőnő szakkal 2001-ben létesült, és 2004 szeptemberétől gyógytornász szakon is megindult a képzés. 2005-ben az intézet kari státuszt kapott, mai neve Egészségügy Kar.